El más grande descubrimiento científico en Pokemon-dom se ha logrado finalmente "Mewtwo". Mewtwo se clono del ADN de los restos fosilizados de Mew, el Pokemon más raro. Pero cuando Mewtwo despertó, se encontró encajonado en una especie de jaula de vidrio en un laboratorio, incitándolo a cometer un destrozo. Mientras que cientificos desesperados trataron de mantener a Mewtwo bajo control, Mewtwo borro el laboratorio y se fue a encontrar el propósito de su existencia. El Pokemon más fuerte se ha creado, pero este experimento ha salido mal. Pronto Mewtwo fija sus metas mas alla que los humanos alguna vez lo hicieron... ahora cómo Pikachu y compañia sobreviviran a este desafío? Esta pelicula va acompañada con una mini-película, las "Vacaciónes de Pikachu".